Los conceptos a liquidar que son de general aplicación son los siguientes:

Salud, pensión, riesgos laborales, prima de servicios, cesantías, intereses sobre cesantías, vacaciones, y si la empresa no está exenta de los aportes parafiscales, debe entonces liquidar los aportes al Sena, al ICBF, y todas deben liquidar los aportes a cajas de compensación familiar.

Dependiendo de cada trabajador en particular hay que calcular otros conceptos a saber:

Auxilio de transporte, embargos, libranzas, cuotas de sindicatos, fondo de solidaridad pensional, primas extralegales, etc.

En cuanto a la parte remunerativa, se deben liquidar el salario como tal y sus componentes adicionales como comisiones, horas extras, recargos nocturnos, dominicales y festivos.

Lo primero que se determina es el ingreso del trabajador, y a partir de allí se liquidan los diferentes conceptos a que haya lugar según cada caso.

Es importante anotar que tratándose de prestaciones sociales, el auxilio de transporte se incluye para la liquidación de esos conceptos, pero para los otros conceptos como seguridades sociales y parafiscales, no se incluyen.

Respecto a las vacaciones, para calcular la respectiva provisión se excluye el auxilio de transporte y los recargos nocturnos  

A continuación presentamos una liquidación en la que se incluyen todos los aportes parafiscales:

Los diferentes conceptos de liquidan con las siguientes fórmulas:

Cesantías: (Salario mensual * Días trabajados)/360

Intereses sobre cesantías: (Cesantías * Días trabajados * 0,12)/360

Prima de servicios: (Salario mensual * Días trabajados en el semestre)/360

Vacaciones: (Salario mensual básico * Días trabajados)/720

Hora extra diurna: Valor hora ordinaria * 1,25

Hora nocturna: Valor hora ordinaria * 1,35

Hora extra nocturna: Valor hora ordinaria * 1,75

Hora ordinaria dominical o festiva: Valor hora ordinaria * 1,75

Hora extra diurna dominical o festiva: Valor hora ordinaria * 2

Hora extra nocturna dominical o festiva: Valor hora ordinaria * 2,5

¿Por qué en ocasiones las cesantías se calculan multiplicando por 8.3% y en otras ocasiones utilizando la fórmula  Cesantías: (Salario mensual * Días trabajados)/360?

La razón es sencilla. Esa diferencia se debe a que en el primer caso sólo se está calculando la provisión mensual y con la segunda se hace la liquidación definitiva, y por lo general el resultado es similar. En realidad la provisión también se puede hacer con la fórmula larga pero es mucho más sencillo aplicar el 8.33%.

Lo anterior aplica también para la prima de servicios y para las vacaciones, aunque en el caso de la vacaciones el porcentaje que se aplica es el 4.17%

Cuando la nómina se liquida de forma quincenal los aportes a seguridad social se pueden descontar de dos formas: Como los aportes son mensuales, se puede liquidar y deducir la mitad en cada quincena o todo en la segunda quincena. En el segundo caso haría que el trabajador recibiera muy poco dinero en la segunda quincena, por lo que podría ser más conveniente descontar a cada quincena lo que corresponda, y además es mucho más práctico.

A continuación se expone un ejemplo sencillo  de la liquidación  de una nómina

Supuesto: 

Salario básico. 700.000
Comisiones. 100.000
Horas extras. 50.000
Auxilio de transporte. 63.600 (2011)

Total devengado 913.600

Liquidación. 
Deducciones de nómina. (Conceptos a cargo del empleado)
Salud (4%). 850.000*0.04 = 34.000
Pensión (4%). 850.000*0.04= 34.000  

Seguridad social a cargo del empleador. 
Salud (8.5%). 850.000*0.085 = 72.250
Pensión (12%). 850.000*0.12= 102.000
A.R.P. (Según la tabla). 850.000*.00522 = 4.437

Prestaciones sociales. 
Prima de servicios. 913.600*0.0833 = 75.829
Cesantías. 913.600*0.0833 = 75.829
Intereses sobre las cesantías. 75.037*0.12 = 9.099
Vacaciones. 700.000*.0417 = 29.190

Nota:

1. El artículo 192 del C.S.T contempla que para el cálculo de las vacaciones no se tiene en cuenta el valor de las horas extras.
2. Para el cálculo de las Prestaciones sociales dentro de la base se debe incluir el Auxilio de transporte, excepto para las vacaciones. Solo se debe tomar el salario básico, puesto que en vacaciones no tendrá ni horas extras, comisiones ni trabajo suplementario.
3. Según la sentencia de septiembre 16 de 1958, de la Corte suprema de justicia, la base para el cálculo de la prima de servicios debe ser el salario promedio, lo que significa que se deben incluir tanto las comisiones como el trabajo suplementario y las horas extras.
4. Para el cálculo de las cesantías se debe tomar el salario promedio, lo que supone la inclusión de las comisiones, horas extras y trabajo suplementario.
5. Para el cálculo de las vacaciones, por costumbre se provisional el 4.17% lo que corresponde exactamente a 15 días de salario, pero se debe tener en cuenta que a la hora de pagar la vacaciones se debe pagar aproximadamente 18 días de salario, toda vez que la norma habla de 15 días hábiles de descanso, lo que por lo general significan 18 días calendario. Recordemos que los domingos y festivos no son días hábiles. El sábado es día hábil solo si en la empresa se labora ese día, de lo contrario tampoco es día hábil.

Aportes parafiscales. 

Cajas de compensación familiar (4%). 850.000*0.04 = 34.000.
I.C.B.F. (3%). 850.000*0.03 = 25.500.
Sena. (2%). 850.000*0.02 = 17.000.

Nota. Para el cálculo de los Aportes parafiscales se toma el valor total de la nómina mensual de la empresa excluyendo el Auxilio de transporte que no es factor salarial, y siempre considerando que la esté obligada a liquidar ICBF y Sena,  pues no se debe perder de vista que estos conceptos, en  algunos casos desaparecieron para dar lugar al llamado CREE.

Neto a pagar al empleado. 
Total devengado 913.600 (-)
Salud 34.000
Pensión 34.000
Neto pagado 845.600